บัสบี้เป็นคนที่ดึงนักเตะจากทีมเยาวชนขึ้นมาหลายคน จนได้แชมป์ลีกในปี 1956 ด้วยอายุเฉลี่ยของนักเตะเพียง 22 ปีเท่านั้น ในปีต่อมา เขาก็ได้พาทีมเป็นแชมป์ลีกอีกครั้ง และยังเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศเอฟเอ คัพ แต่ไปไม่ถึงดวงดาวโดยการแพ้ต่อแอสตัน วิลลา แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ดเป็นทีมที่ 2 ของอังกฤษที่ได้เข้าร่วมแข่งขันฟุตบอลยูโรเปียนคัพ และยังได้เข้าถึงรอบรองชนะเลิศอีกด้วย

ในปี 1958 ได้เกิดโศกนาฏกรรมครั้งยิ่งใหญ่ของสโมสร เมื่อเครื่องบินที่บรรทุกนักเตะและทีมงานของสโมสร ที่กลับจากการไปแข่งขันยูโรเปียนคัพรอบก่อนรองชนะเลิศกับทีมเรดสตาร์ เบลเกรด ซึ่งแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดสามารถผ่านเข้าสู่รอบรองชนะเลิศแล้วได้ประสบอุบัติเหตุที่สนามบินในเมืองมิวนิค หลังจากแวะพักเครื่องบินที่เมืองมิวนิค ในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ เวลาประมาณบ่าย 3 โมง เหตุการณ์ครั้งนั้นได้คร่าชีวิตนักเตะของทีมไปถึง 8 คน รวมถึงทีมงานสต๊าฟโค้ชและผู้โดยสารคนอื่นอีก 15 คน รวมเป็น 23 คน หนึ่งในคนที่เสียชีวิตในครั้งนี้ คือ ดันแคน เอ็ดเวิร์ด นักเตะดาวรุ่งพรสวรรค์สูงสุดในขณะนั้น จากเหตุการณ์ครั้งนี้ มีผู้คาดว่าจะเป็นจุดตกต่ำของแมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด แต่จิมมี เมอร์ฟี ได้เข้ามาเป็นผู้จัดการทีมในช่วงที่บัสบี้กำลังรักษาอาการบาดเจ็บ และใช้ตัวผู้เล่นแก้ขัดไปหลายตำแหน่ง แต่ทีมก็ยังสามารถเข้าชิงชนะเลิศ เอฟเอ คัพได้อีกครั้ง โดยครั้งนี้พ่ายต่อโบลตันทำให้ได้เพียงรองแชมป์เท่านั้น

หลังจากรักษาตัวเองแล้ว บัสบี้ได้ปรับปรุงทีมในช่วงต้นของทศวรรษ 60 โดยการเซ็นสัญญาคว้านักเตะอย่าง เดนิส ลอว์ กับ แพท ครีแลนด์มาเสริมทีม แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ดก็ได้ชนะเลิศฟุตบอลเอฟเอ คัพในปี 1963 และได้แชมป์ฟุตบอลลีกในปี 1965 และ 1967 นอกจากนี้ ยังได้แชมป์ฟุตบอลยูโรเปียน คัพเป็นสโมสรแรกของอังกฤษในปี 1968 ซึ่งเป็นระยะเวลาเพียง 10 ปี เท่านั้นหลังจากเกิดเหตุโศกนาฏกรรมที่มิวนิค ที่ทำให้ทีมต้องสูญเสียผู้เล่นตัวหลักไปถึง 8 คน และจากความยอดเยี่ยมของทีมชุดนี้ ทำให้มีนักเตะ 3 คนด้วยกัน ที่สามารถคว้ารางวัลนักเตะยอดเยี่ยมของยุโรป (บัลลงค์ดอร์) ได้แก่ บอบบี ชาร์ลตันได้รับในปี 1966 หลังจากพาทีมชาติอังกฤษคว้าแชมป์ฟุตบอลโลกครั้งแรกและครั้งเดียวของพวกเค้า คนที่สองคือ เดนิส ลอว์ ได้รับรางวัลในปี 1967 หลังจากโชว์ฟอร์มพาแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดคว้าแชมป์ฟุตบอลลีกได้ในปีนั้น และ จอร์จ เบสต์ได้รับรางวัลในปี 1968 หลังจากโชว์ฟอร์มอันยอดเยี่ยมพาแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดคว้าแชมป์ฟุตบอลยูโรเปียน คัพเป็นครั้งแรกของสโมสรและครั้งแรกของอังกฤษ

บัสบีได้ลาออกจากการเป็นผู้จัดการทีมในปี 1969 โดยมีวิฟ แมคกินเนสโค้ชทีมสำรองทำหน้าที่แทน